2 Webseiten auf einem Webspace

Die sauberste Lösung ist es, wenn jede Domains ihr eigenes Unterverzeichnis hat. Dann wirken sich z.B. .htaccess Direktiven nicht mehr auf den "Untermieter" aus, was zu solchen unerwünschten Effekten führen kann. Ich würde entsprechend auch die Dateien von brillenkult-shop.de in ein Unterverzeichnis verschieben, und im Controlcenter für die Domain brillenkult-shop.de als Verwendungsart dieses Unterverzeichnis angeben.

- Gibt es Dateien, die nicht mit in die jeweiligen Unterordner verschoben werden?
Also Dateien, die im "Hauptverzeichnis" im Webspace bleiben?

Die Dateien und Verzeichnisse, die sich schon vor der Installation des Magento-Shops im Hauptverzeichnis befanden. Bei einem typischen 1und1-Webspace ist das das Verzeichnis /logs und eventuell Verzeichnisse und Dateien, die mit einem Punkt anfangen. Eine vorhandene .htaccess Datei sollte aber zum Magentoshop gehören. Zur Überprüfung könntest du auch ein Installationspaket von Magento in einen Testordner entpacken.

- Könnte sich dieses "verschieben" in ein Unterverzeichnis negativ auf die Magento-Installation bei brillenkult-shop.de auswirken?

Wenn irgendwo absolute Pfade konfiguriert sind, müssten diese noch angepasst werden (absolut meint hier, dass der Pfad sich auf den Root des Betriebssystems bezieht). Bei WordPress wird z.B. der Pfad des Upload-Verzeichnisses absolut angegeben.

Es gibt Anleitungen für den Fall, dass ein Magento-Shop verschoben wird, wobei sich dann aber auch die URL entsprechend ändert. Die Anpassungen beziehen sich dabei anscheinend nur auf die Änderung der URL. Entsprechend sollte nichts geändert werden müssen, wenn sich die URL nicht ändert.

Im Zweifelsfall könntest du auch im Magento-Forum nachfragen.